O Programa de Pós-Graduação em Ciências Ambientais (PPGCA) tem como foco o estudo interdisciplinar dos biomas Cerrado e Pantanal, bem como do ambiente construído, priorizando o monitoramento, avaliação e controle ambiental. Busca compreender as dinâmicas ambientais e suas relações com a qualidade de vida, propondo estratégias frente às mudanças climáticas e à urbanização. O PPGCA promove a formação de profissionais qualificados, fortalece a produção científica e contribui para a sustentabilidade socioambiental em níveis regional e nacional.

O curso de Mestrado foi homologado pela CAPES em 2013, inicialmente em associação temporária com o Programa de Pós-Graduação em Física Ambiental da UFMT. Essa relação colaborativa permitiu o rápido desenvolvimento do grupo em termos de articulação frente a problemas de pesquisa, ampliando significativamente o número de projetos em andamento e a produção científica. Nos quatro anos subsequentes à associação, novos doutores foram incorporados ao programa, totalizando, nesse período, 12 docentes doutores vinculados exclusivamente à Unic. O grupo alcançou maturidade e independência, demonstrando, já em 2015, autonomia na produção científica em relação aos docentes da UFMT. A associação temporária foi formalmente encerrada em 2017, embora a afinidade entre os grupos tenha possibilitado a continuidade de parcerias e projetos em rede.

Entre 2013 e 2024, o programa manteve turmas ininterruptas, titulando mais de 120 mestres. Os egressos encontram-se atuando em diversas áreas, com destaque para a docência no ensino superior e para cargos de gestão em órgãos públicos estaduais e municipais, tanto na região como em outros estados. Esses dados evidenciam o fortalecimento da presença do PPGCA na região Centro-Oeste. No quadriênio 2017–2020, cujo resultado foi divulgado pela CAPES em 2022, o curso obteve conceito 4, refletindo sua consolidação e maturidade acadêmica.

O programa tem como missão contribuir para a redefinição do papel da pós-graduação na região, por meio da capacitação de profissionais ambientais competentes, com impacto no curto e longo prazo. Busca-se aumentar a massa crítica nos setores público e privado, assessorando a sociedade na avaliação dos impactos das mudanças ambientais resultantes da ocupação humana.