Visando alcançar excelência em ensino e pesquisa, atender as necessidades nacionais e regionais e aumentar a indução seletiva para a produção de conhecimentos as IES da Cogna têm claramente definidas, por meio de Política de Pesquisa, as prioridades para áreas de pesquisas.

Desta forma, as IES são incentivadas a desenvolverem atividades de pesquisa nas seis Linhas Estratégicas a seguir:

1. Estudos de Compostos Bioativos e Desenvolvimento de Produtos e Tecnologias Aplicados à Saúde Humana;
2. Uso de Tecnologias no Processo de Ensino e Aprendizagem;
3. Caracterização, Conservação e Uso Sustentável do Bioma Cerrado;
4. Pantanal e Amazonas;
5. Saúde e Produção Animal;
6. Desenvolvimento de Biomateriais para Uso Odontológico; e
7. Estudos Relacionados ao Exercício Físico e Avaliação/Intervenção em Reabilitação Humana.